有效。制订和修改《公司章程》，是《公司法》规定的股东会权利。对于执行董事的更换，需要股东多少人表决通过，对此公司法并没有作出限制性规定。《公司章程》完全有权规定执行董事更换需要多少股东表决权通过生效。《公司章程》约定需要百分之百股东表决权通过更换执行董事的约定有效。

根据《中华人民共和国公司法》第四十三条的规定，股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。

公司章程特别约定，更换公司执行董事需要100％股东通过条款效力，是指公司发起设立后，在公司制定的公司章程中，特别对更换公司执行董事进行了约定，只有公司全体股东都通过了更换执行董事的决议，公司更换执行董事的决议才会具有法律效力，制定了这一条款。

　　约定违约金与承担违约金不一样。　　约定违约金是为防止情形出现而将违约责任先行约定明确，而此时还没有发生情形出现，只要是双方当事人协商一致，真实意思的意合，对双方产生约束作用，这是有效的民事行为，即使再高些也是有效的。　　承担违约金不一样，承担违约金以实际上的损失为限，一般不能超过总标底额的30%。如果真发生了约定违约行为时，其违约金支付进如果过高可以请求法院进行调整。