总的说有：

六道仙人：人称忍者始祖，十尾 人柱力，轮回眼拥有者；

木叶十二忍：木叶村的十二位新一代杰出忍者的统称，有漩涡鸣人、春野樱、日向雏田、日向宁次、李洛克、天天、犬冢牙、油女志乃、奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野，及已经叛离的宇智波佐助；

晓组织：一个由10名S级逃亡忍者组成的秘密组织。成员：零无-佩恩(尸体，本体长门）、白虎-小南（已退出）、朱雀-宇智波鼬（与宇智波佐助对决时因病身亡）、南斗-干柿鬼鲛（被阿凯所杀)、青龙-迪达拉（与佐助战斗时自爆身亡）、玉女-赤砂之蝎（放水自杀，死后由阿飞，也就是宇智波斑代替）、北斗-角都(败于鸣人，亡于卡卡西)、三台-飞段（被活埋）、玄武-绝、空陈-大蛇丸（已脱离，被封印）。现存2人：绝、宇智波斑（加上佐助的鹰小队，总共6人。）

三忍：自来也（与佩恩战斗死亡，临死前由蛤蟆传出暗号）、大蛇丸（被永久封印，后复活）、纲手

佩恩六道：天道（原弥彦），人间道，修罗道，畜生道，饿鬼道，地狱道（由外道长门控制）

忍刀七人众：水之国雾隐村的精英忍者，目前有六人出场，桃地再不斩、干柿鬼鲛、黑锄雷牙(动画原创）、长十郎、青、鬼灯满月。（再不斩，雷牙，干柿鬼鲛已死）

音忍五人众：君麻吕（与我爱罗和李洛克对战时因病而亡）、鬼童丸(死于日向宁次)、左近右近（死于牙、勘九郎）、多由也（死于鹿丸、手鞠）、次郎坊（死于秋道丁次）；

宇智波一族：原有宇智波带土（止水的哥哥）、宇智波佐助、宇智波鼬（佐助的哥哥）、宇智波斑、宇智波泉奈(斑之弟）、宇智波富岳（佐助、鼬之父）、宇智波美琴（佐助、鼬之母）、宇智波止水、宇智波镜（481话团藏回忆中出现的伙伴），现仅剩宇智波佐助、宇智波斑；

日向一族：日向宁次、日向雏田、日向日差（宁次之父，已死）、日向花火、日向日足（雏田、花火之父）；

油女一族：油女志乃（子）、油女志微（父）；油女取根 ；

山中一族：山中井野（子）、山中亥一（父）；山中风；

奈良一族：奈良鹿丸（子）、奈良鹿久（父）；奈良吉乃

秋道一族：秋道丁次（子）、秋道丁座（父）；

猪鹿蝶：山中亥一、奈良鹿久、秋道丁座 （老一代）；山中井野、奈良鹿丸、秋道丁次（新一代）；

旗木一族：旗木朔茂（木叶白牙，已死）（父）、旗木卡卡西（子）；

森之千手一族：千手柱间、千手扉间、千手纲手、千手绳树；（除纲手外全部阵亡）

猿飞一族：猿飞日斩(三代目火影)（死于大蛇丸）、猿飞日落、猿飞阿斯玛（木叶丸的叔叔，死于飞段）、猿飞木叶丸；

鹰小队（原 蛇小队）：宇智波佐助（队长）、鬼灯水月、天秤重吾、香磷（生死未卜）；

根：团藏（被佐助击中心脏，生死未卜，后死）、佐井、信、风、都练、寺井等；